Die Festlegung der Prioritäten unterscheidet sich je nach Zuwendungs- bzw. Auftraggeber. Unter anderem:

Zivile Sicherheitsforschung der Bundesregierung/BMFTR:
Die Prioritäten für die Projektförderung ergeben sich aus dem Programm der Bundesregierung „Forschung für die zivile Sicherheit – gemeinsam für ein sicheres Leben in einer resilienten Gesellschaft“ und orientieren sich stark an den Anwenderinnen und Anwendern sowie Behörden und Organisationen mit Sicherheitsaufgaben.

Die Forschungsprogramme der Cyberagentur orientieren sich maßgeblich an den Bedarfen ihrer zivilen wie militärischen Bedarfsträger. Deren Anforderungen leiten sich aus aktuellen und absehbaren Bedrohungslagen im Cyber- und Informationsraum ab und prägen die thematischen Schwerpunkte der geförderten Forschungsaktivitäten. 

Auftragsforschung des Bundes: 
Die Prioritäten orientieren sich zum einen an den Bedarfen der Behörden und Organisationen mit Sicherheitsaufgaben, also insbesondere der Polizeien, des Bundesamts für Bevölkerungsschutz und Katastrophenhilfe, des Bundesamts für Sicherheit in der Informationstechnik und der Zentralen Stelle für Informationstechnik im Sicherheitsbereich (ZITiS). Zum anderen richten sie sich nach den Bedarfen der Bundeswehr, die insbesondere im Ressortforschungsplan des BMVg konkretisiert werden. Die Bedarfe dieser Behörden und Organisationen ergeben sich aus ihren jeweiligen Aufträgen in Wechselwirkung mit aktuellen und absehbaren Entwicklungen, die ihre Aufgabenerfüllung betreffen. 

Europäischer Verteidigungsfonds (EVF): 
Das BMVg bringt über den Programmausschuss EVF Themen ein, wenn diese dem Fähigkeitsinteresse der Bundeswehr entsprechen.

Zivile Sicherheitsforschung in Horizont Europa: 
Die Prioritäten ergeben sich aus den Bedarfen der deutschen Anwenderinnen und Anwender sowie der Bundesressorts. Zudem besteht eine Beteiligungsmöglichkeit der Fachöffentlichkeit.