Das hängt davon ab, ob es sich um Auftragsforschung (Cyberagentur, Ressortforschung BMVg) oder Forschungsförderung per Zuwendung (BMFTR, Horizont Europa, EVF) handelt. Bei Forschungsförderung (Zuwendungen) verbleiben die IP-Rechte bei den Geförderten, die sie erschaffen. Der Konsortialvertrag regelt Näheres.

Bei Auftragsforschung werden die Regelungen zum Verbleib der IP-Rechte individuell im Vertrag zwischen Auftraggeber und Auftragnehmer festgelegt. Dabei kann der Auftraggeber einerseits die Inhaberschaft bzw. die ausschließlichen Nutzungsrechte am geistigen Eigentum erwerben. 
Andererseits können auch offenere Vereinbarungen mit einer Inhaberschaft an Schutzrechten für den Auftragnehmer und unbeschränkten, nicht ausschließlichen Nutzungsrechten für den Auftraggeber festgelegt werden; möglich ist auch eine gemeinsame Inhaberschaft an gewerblichen Schutzrechten. Bei diesen offeneren Regelungen verbleiben dem Auftragnehmer Möglichkeiten zur eigenen Nutzung, Verwertung und Weiterentwicklung der IP-Rechte. Darüber hinaus können vertraglich weitergehende Nutzungsbeschränkungen vereinbart werden, etwa dass die Verwertung durch den Auftragnehmer auf den EWR-Raum oder auf NATO-Staaten beschränkt ist.

Im Rahmen sogenannter Pre-Commercial Procurement Verfahren (PCP-Verfahren), wie sie beispielsweise von der Cyberagentur oder im Rahmen von Horizont Europa eingesetzt werden, ist der Erwerb von Inhaberschaft oder ausschließlicher Nutzungsrechte an IP durch den öffentlichen Auftraggeber nicht möglich. Daher wird in diesen Fällen auf die genannten offeneren Regelungsmodelle zurückgegriffen.

Im Falle einer Einstufung von Ergebnissen gelten unabhängig von der Zuordnung der daran bestehenden IP-Rechte die Regelungen des Geheimschutzes weiter und schränken so die tatsächlichen Nutzungs- und Verwertungsmöglichkeiten des Auftragnehmers ein. Beispielsweise steht dann die Weitergabe von Ergebnissen an Dritte unter dem Zustimmungsvorbehalt des VS-Herausgebers, auch wenn sie IP-rechtlich gestattet wäre (z. B. bei Inhaberschaft des Auftragnehmers an den Schutzrechten).  

Werden Erfindungen aus sicherheitsrelevanter Forschung als Patente oder Gebrauchsmuster angemeldet, kann es außerdem zu einer Geheimhaltungsanordnung nach §§ 50 ff. Patentgesetz durch das Deutsche Patent- und Markenamt (DPMA) kommen (dies ist ein sehr seltener Fall). Voraussetzung ist, dass es sich um ein Staatsgeheimnis nach § 93 Strafgesetzbuch handelt. Dabei handelt es sich nicht um den Regelfall. Die Anforderungen für das Vorliegen eines solchen Staatsgeheimnisses entsprechen weitgehend denen der Einstufung GEHEIM oder höher (EU SECRET oder höher). Die Einstufung selbst ist formal ein unabhängiges Verfahren, wird aber im Regelfall parallel laufen. In diesem Fall ist eine Weiterverfolgung von Patent- oder Gebrauchsmusteranmeldungen außerhalb Deutschlands nicht oder nur unter Auflagen möglich.