Das hängt davon ab, ob es sich um Auftragsforschung (Cyberagentur, Ressortforschung BMVg) oder Forschungsförderung per Zuwendung (BMFTR, Horizont Europa, EVF) handelt. Bei Forschungsförderung (Zuwendungen) verbleiben die IP-Rechte bei den Geförderten, die sie erschaffen. Der Konsortialvertrag regelt Näheres.

Bei Auftragsforschung werden die Regelungen zum Verbleib der IP-Rechte individuell im Vertrag zwischen Auftraggeber und Auftragnehmer festgelegt. Dabei kann der Auftraggeber einerseits die Inhaberschaft bzw. die ausschließlichen Nutzungsrechte am geistigen Eigentum erwerben. 
Andererseits können auch offenere Vereinbarungen mit einer Inhaberschaft an Schutzrechten für den Auftragnehmer und unbeschränkten, nicht ausschließlichen Nutzungsrechten für den Auftraggeber festgelegt werden; möglich ist auch eine gemeinsame Inhaberschaft an gewerblichen Schutzrechten. Bei diesen offeneren Regelungen verbleiben dem Auftragnehmer Möglichkeiten zur eigenen Nutzung, Verwertung und Weiterentwicklung der IP-Rechte. Darüber hinaus können vertraglich weitergehende Nutzungsbeschränkungen vereinbart werden, etwa dass die Verwertung durch den Auftragnehmer auf den EWR-Raum oder auf NATO-Staaten beschränkt ist.

Im Rahmen sogenannter Pre-Commercial Procurement Verfahren (PCP-Verfahren), wie sie beispielsweise von der Cyberagentur oder im Rahmen von Horizont Europa eingesetzt werden, ist der Erwerb von Inhaberschaft oder ausschließlicher Nutzungsrechte an IP durch den öffentlichen Auftraggeber nicht möglich. Daher wird in diesen Fällen auf die genannten offeneren Regelungsmodelle zurückgegriffen.

Im Falle einer Einstufung von Ergebnissen gelten unabhängig von der Zuordnung der daran bestehenden IP-Rechte die Regelungen des Geheimschutzes weiter und schränken so die tatsächlichen Nutzungs- und Verwertungsmöglichkeiten des Auftragnehmers ein. Beispielsweise steht dann die Weitergabe von Ergebnissen an Dritte unter dem Zustimmungsvorbehalt des VS-Herausgebers, auch wenn sie IP-rechtlich gestattet wäre (z. B. bei Inhaberschaft des Auftragnehmers an den Schutzrechten).  

Werden Erfindungen aus sicherheitsrelevanter Forschung als Patente oder Gebrauchsmuster angemeldet, kann es außerdem zu einer Geheimhaltungsanordnung nach §§ 50 ff. Patentgesetz durch das Deutsche Patent- und Markenamt (DPMA) kommen (dies ist ein sehr seltener Fall). Voraussetzung ist, dass es sich um ein Staatsgeheimnis nach § 93 Strafgesetzbuch handelt. Dabei handelt es sich nicht um den Regelfall. Die Anforderungen für das Vorliegen eines solchen Staatsgeheimnisses entsprechen weitgehend denen der Einstufung GEHEIM oder höher (EU SECRET oder höher). Die Einstufung selbst ist formal ein unabhängiges Verfahren, wird aber im Regelfall parallel laufen. In diesem Fall ist eine Weiterverfolgung von Patent- oder Gebrauchsmusteranmeldungen außerhalb Deutschlands nicht oder nur unter Auflagen möglich. 

Bei der Förderung durch Zuwendungen hängen die Regelungen vom Fördergeber ab. Bei Horizont Europa gibt es häufig keinerlei Beschränkungen, während beim EVF zumeist die Zustimmung des Fördergebers (durch den Project Officer) nötig ist (häufigster Fall).

Sofern es sich bei sicherheitsrelevanter Forschung um Deliverables oder Projektbestandteile handelt, die als Verschlusssache eingestuft sind, ist eine Veröffentlichung der Ergebnisse grundsätzlich ausgeschlossen und strafbewehrt (seltener Fall). Im Falle einer Geheimhaltungsanordnung durch das DPMA (siehe vorherige Frage) unterbleibt die sonst gesetzlich vorgeschriebene Veröffentlichung einer Patentanmeldung durch das DPMA.

Im Rahmen sicherheitsrelevanter Auftragsforschung, die nicht als Verschlusssache eingestuft ist, hängt die Möglichkeit einer Veröffentlichung vom jeweiligen Einzelfall ab. Bei der Beauftragung von Forschung durch die Cyberagentur muss jede Veröffentlichung individuell beantragt und durch die Cyberagentur genehmigt werden. Dabei ist zu beachten, dass das Verfahren regelmäßig eine gewisse Zeit in Anspruch nimmt, sodass besonders kurzfristige Veröffentlichungen (z. B. innerhalb von 2-3 Tagen), etwa die Einreichung eines Abstracts für eine Konferenz, nicht immer möglich sind.

Diese Genehmigungspflicht ist darüber hinaus im Besonderen zu beachten, wenn die Publikation der Ergebnisse eine Voraussetzung für die wissenschaftliche Qualifikation der Forschenden, etwa im Rahmen einer Promotion, ist. Die Cyberagentur genehmigt die deutliche Mehrheit der Publikationsanfragen. Es kann aber dazu kommen, dass einzelne Anfragen aus sicherheitsrelevanten Gründen abgelehnt werden. 

Es lässt sich also sagen: Die Möglichkeiten zur Veröffentlichung von Forschungsergebnissen hängen maßgeblich von der Art des Projekts sowie von sicherheitsbezogenen Vorgaben und vertraglichen Regelungen ab. Grundsätzlich lassen sich drei Konstellationen unterscheiden:

Erstens können Forschungsergebnisse ohne Einschränkungen veröffentlicht werden, sofern keine sicherheitsrelevante Einstufung oder vertragliche Beschränkung vorliegt. Dies ist bei der Mehrzahl der Projekte der Fall.

Zweitens können Veröffentlichungen genehmigungspflichtig sein, etwa, wenn Projekte oder einzelne Ergebnisse sicherheitsrelevant sind oder entsprechenden vertraglichen Auflagen unterliegen. In diesen Fällen ist eine Veröffentlichung häufig möglich, bedarf jedoch der vorherigen Prüfung und Freigabe durch den Fördergeber oder Auftraggeber. Dabei kann es auch vorkommen, dass einzelne Ergebnisse veröffentlicht werden dürfen, während andere Projektbestandteile amtlich eingestuft bleiben.

Drittens kann eine Veröffentlichung in Einzelfällen vollständig ausgeschlossen sein, insbesondere bei Auftragsforschung mit entsprechenden vertraglichen Vorgaben oder bei als Verschlusssache eingestuften Inhalten. Während ein vollständiger Veröffentlichungsausschluss bei öffentlich geförderten Projekten in der Regel nicht vorgesehen ist, kann er im Rahmen von Auftragsforschung vorkommen.